Organisasi ini berdiri pada tanggal 4 Muharram 1421 H di Yogyakarta bertepatan dengan 9 April 2000.Semula, organisasi ini bernama Forum Silaturahmi Mahasiswa Muslim Pascasarjana (FORSIMMPAS) yang menjadi cikal bakal Himpunan Mahasiswa Muslim Pascasarjana dan diketuai oleh sahabat Yusron, mahasiswa program master Teknik Elektro asal Sulawesi Selatan yang memimpin organisasi selama 1 tahun.
Melalui perjuangan yang luar bisa pada kepengurusan kedua pada tahun 2001 dibawah kepemimpinan sahabat Adi Darmawan, mahasiswa program master prodi Ilmu Kimia Fakultas MIPA berhasil mengubah nama FORSIMMPAS menjadi HIMMPAS. Pada tahun ini penggunaan kata HIMMPAS mulai diperkenalkan sejak 19 Shafar 1422 H bertepatan dengan 13 Mei 2001 dan mendapatkan pengakuan dari pihak Biorkrasi.
Pada periode kepengurusan 2002, tampuk kepemimpinan diambil alih oleh sahabat Munandar Kasim, mahasiswa pascasarjana pada prodi Ilmu Komputer yang menginisiasi penggunaan kata HIMMPAS UGM untuk organisasi ini.Kata baru ini akhirnya disahkan tepat pada tanggal 6 Rabi‟ul Awal 1423 H bertepatan dengan 19 Mei 2002. Semenjak itu, HIMMPAS UGM semakin menempatkan diri di ruang hati pihak birokrasi dengan mendapatkan pengakuan legal dan didukung pihak universitas serta memiliki. Pembina organisasi yaitu Prof. Dr. Edhi Martono. Pada periode inilah titik awal penataan organisasi yang lebih baik di tahun selanjutnya.
Pada periode selanjutnya, kembali mahasiswa dari prodi Ilmu Kimia memegang amanah HIMMPAS UGM tahun 2003, yaitu sahabat Ruslin Hadanu.Pada tahun ini, HIMMPAS UGM mulai menata organisasi untuk selanjutnya memfasilitasi terbentuknya Himpunan Mahasiswa Pascasarjana (HMP) yang menjadi wadah organisasi mahasiswa pascasarjana pada umumnya.Dengan munculnya HMP maka pihak Rektorat maupun pengelola Pascasarjana semakin memberikan kepercayaan kepada HIMMPAS UGM sebagai organisasi kemahasiswaan yang solid ditingkat pascasarjana.Menjelang pemilu 2004, HIMMPAS UGM menunjukkan kepedulian dalam mensukseskan hajat rakyat Indonesia itu sekaligus memberikan pemahaman dasar mengenai pentingnya memilih pemimpin bangsa melalui kajian dan pooling.
Di tahun 2004, sahabat Sarkono yang menamatkan pendidikan sarjana di Universitas Jendral Soedirman (UNSOED) Purwokerto selanjutnya mengambil program master prodi Biologi, Fakultas Biologi dan kini menjadi dosen biologi di Universitas Mataram ini memimpin HIMMPAS UGM dengan obsesi membumikan dakwah di semua program studi yang ada di Universitas Gadjah Mada. Pada tahun ini, sosialisasi dan kampanye HIMMPAS UGM dikumandangkan di segenap prodi yang ada.Salah satu tanda keberhasilan sosialisasi ini adalah diambil dan dipilihnya pengurus HIMMPAS UGM dari seluruh elemen mahasiswa pascasarjana dari beberapa prodi pascasarjana yang ada di UGM.
Menginjak periode 2005, tampuk kepemimpinan HIMMPAS UGM beralih ke sahabat Purni Susanto yang saat itu mengambil program master prodi Kajian Amerika. Sahabat Purni Susanto yang berprofesi sebagai PNS Gurumemegang amanah orang nomor satu di HIMMPAS UGM dibekali dengan wawasan yang luas dan mendunia. Pada kepengurusan ini, pengurus HIMMPAS UGM cukup heterogen baik dari segi usia maupun disiplin ilmu mampu membawa HIMMPAS UGM semakin dikenal oleh seluruh mahasiswa pascasarjana di UGM. Saat ini, sahabat Purni Susanto sedang mengambil program Doktoral di Flinders University, Australia.
Semakin beragamnya pengurus HIMMPAS UGM tidak membuat organisasi ini semakin kacau dan labil melainkan semakin padu walaupun terdapat perbedaan wawasan, asal daerah, disiplin ilmu dan usia. Heterogenitas ini bahkan semakin membuat HIMMPAS UGM periode 2006 yang diketuai oleh sahabat Indra Caniago, mahasiswa asal Lampung semakin menunjukkan eksistensinya. Pada tahun ini, HIMMPAS UGM resmi diakui secara legal formal dan masuk dalam bagian Himpunan Mahasiswa Pascasarjana (HMP) UGM sebagai unit dakwah kampus tingkat pascasarjana. Berbekal wawasan yang luas dan latar belakang sejarah yang panjang, sahabat Indra Caniago mahasiswa pascasarjana prodi Magister Akutansi membawa Himmpas semakin eksis, baik dari segi kepengurusan, program kerja maupun administrasi.Hal ini didukung dan dibuktikan dengan rapinya penyusunan semua laporan pertanggungjawaban, termasuk laporan keuangan HIMMPAS UGM selama periode tersebut.
Memasuki tahun 2007, diadakanlah musyawarah untuk memilih ketua berikutnya. Tepat pada tanggal 27 Mei 2007 giliran mahasiswa master prodi sains Veteriner, yaitu sahabat Makmun Junaidin memegang kendali HIMMPAS UGM periode ini.Selanjutnya, pada tahun 2008, kepemimpinan beralih kepada sahabat Andre dari prodi Ilmu Sosiologi.Sahabat Andre merupakan dosen di Universitas Bengkulu. Pada tahun ini, HIMMPAS UGM genap menginjak usia ke-8 dan berbagai macam program kerja telah digelar serta dijalankan, tidak membuat Andre dan pengurus HIMMPAS UGM 2008 kehabisan amunisi dan ide. Justru dibawah kemampuannya beretorika mampu membawa HIMMPAS UGM berkembang dengan kreativitas yang semakin beragam dan energik.Walaupun harus melepas salah seorang putra terbaik HIMMPAS UGM kembali keharibaan Allah SWT, sahabat Muhammad Subarno dari prodi Ilmu Kimia syahid saat menjalankan salah satu program kerja HIMMPAS UGM.Semoga Allah membalas semua amal kebaikan beliau dan menempatkannya di jannahNya, Aamiin.
Sahabat Shuby Youzar Ariadi meneruskan estafet kepemimpinan HIMMPAS UGM pada tahun 2009.Beliau adalah mahasiswa prodi Magister Administrasi Publik yang cukup bijak dalam memimpin roda organisasi.Pergantian orang nomor satu di HIMMPAS UGM dengan berbagai latar belakang keilmuan, membuktikan bahwa, HIMMPAS UGM bukanlah milik satu golongan atau satu program studi tertentu, melainkan HIMMPAS UGM dengan semboyan „Bersama Dalam Kebaikan‟ terus melaju dengan mantab dan menjadi milik bersama mahasiswa muslim pascasarjana UGM.
Pada tahun berikutnya, sahabat Adi Suhendra, Mahasiswa pascasarjana dari prodi Kehutanan yang berasal dari Medan, Sumatera Utara memegang amanah pada periode 2010. Dengan kepemimpinan yang karismatik dan tegas yang menjadi ciri khas mahasiswa kehutanan membawa HIMMPAS UGM semakin melejit. Berbagai program kerja terus disusun dengan modifikasi dan kreativitas sesuai dengan kebutuhan mahasiswa muslim saat itu. Kajian rutin Kamis sore (KAMSO) mulai diperkenalkan dan menjadi „icon‟ baru HIMMPAS UGM pada tahun 2010. Melalui kegiatan KAMSO, berbagai informasi ilmu keislaman kontemporer telah digelar.
Hasilnya, adalah HIMMPAS UGM semakin terkenal dikalangan mahasiswa muslim pascasarjana dan para narasumber, baik dari internal UGM maupun eksternal luar UGM serta semakin menunjukkan kebermanfaatan bagi pemahaman keislaman mahasiswa pascasarjana UGM. Tepat pada tanggal 7–8 Desember 2011 dimantapkanlah dasar-dasar organisasi HIMMPAS UGM dan mekanisme pemilihan orang nomor satu di HIMMPAS UGM melalui suatu badan yang bernama „Dewan Formatur‟ yang bersamaan dengan kegiatan musyawarah akbar (Musyak). Dewan formatur dipilih secara musyawarah dan mufakat dari para peserta Musyak. Hasil musyak memutuskan bahwa kepengurusan HIMMPAS UGM periode 2011 di amanahkan kepada sahabat Abdul Latif mahasiswa asal Palembang yang mengambil prodi magister Teknologi Informasi sebagai ketua umum. Pada musyak ini juga diputuskan sahabat Pandri Ferdias mahasiswa asal Lampung yang mengambil prodi Matematika sebagai Sekretaris Umum HIMMPAS UGM. Duet serasi kombinasi maut ini mampu menyelenggarakan kegiatan skala Nasional bekerjasama dengan LPPM UGM.Seminar Nasional berbasis Ekonomi Islam berhasil membawa HIMMPAS UGM tidak hanya diakui perguruan tinggi yang ada di Yogyakarta tetapi juga mengenalkan HIMMPAS UGM di skala Nasional.Agenda Kajian Rutin Kamis Sore, Forum Lingkar Muslimah, dan pendampingan desa binaan di Boyong juga telah menunjukkan eksistensi HIMMPAS UGM untuk menerapkan Tri Dharma Perguruan Tinggi, bukan hanya peduli terhadap ilmu kuliah, tetapi HIMMPAS UGM juga peduli dengan ilmu keislaman dan peduli sosial. Silaturahmi kejajaran birokrat, narasumber dan pembina HIMMPAS UGM membuatnya semakin “disayangi” oleh banyak orang.
Untuk kedua kalinya, penggunaan konsep Dewan Formatur dalam pemilihan pimpinan HIMMPAS UGM digunakan pada Musyawarah Akbar ke XII yang berhasil memilih leader HIMMPAS UGM yaitu sahabat Faris Syamsudin, mahasiswa asal Halmahera, Maluku sebagai ketua umum dan sahabat Muhammad Fakhrie mahasiswa asal Palembang sebagai sekretaris umum Himmpas periode 2012. Duet dua mahasiswa yang cukup jauh berbeda usia ini mampu saling menguatkan dalam memimpin HIMMPAS UGM periode 2012 apalagi didukung dengan background pendidikan yaitu Teknik Elektro dan Ilmu Komputer mampu membentuk kepengurusan organisasi yang berisi multi disiplin ilmu, multi usia dan multi asal daerah. Pada tahun ini pula, jajaran kepengurusan HIMMPAS UGM cenderung berasal dari freshgraduate.Keberagaman ini tidak membuat Himmpas terpecah belah, melainkan sebaliknya, pada tahun ini HIMMPAS UGM menggelar „seribu satu‟ kegiatan, dari program kerja yang bersifat keilmuan, sosial kemasyarakatan, islam kontemporer, kesehatan, sampai kegiatan yang mengarah pada ranah rumah tangga melalui kegiatan-kegiatan dari divisi Pengkajian Ilmiah, Pelayanan Umat, Kewirausahaan dan Informasi Komunikasi serda divisi Kaderisasi. Tahun ini divisi kaderisasi menetapkan kegiatan Kajian Rutin Kamis Sore yang disingkat Kantin KAMSO menjadi „icon‟ HIMMPAS UGM. Dalam rangka meningkatkan ruhiyah pengurus, melaksanakan program buka puasa bersama hari kamis, acara bermalam bersama dan outbond. Tablik akbar digelar dalam rangkaian Milad HIMMPAS ke 12 di Kampus UGM. Seminar, training dan workshop serta „Ramadhan in Campus‟ juga digelar dalam kerangka peningkatan kualitas dan menunjang disipilin ilmu mahasiswa muslim pascasarjana. Training kepemimpinan dalam rangka pengkaderan dan mencari tunas-tunas penerus HIMMPAS UGM merupakan program kerja rutin setiap tahun yang digelar oleh HIMMPAS UGM dan dilanjutkan dengan acara. Musyawarah Akbar sebagai moment penting regenerasi kepengurusan Himmpas. Di tahun ini pula, HIMMPAS UGM mulai menuju penokohan nasional dengan berhasilnya membentuk Forum Silaturahmi Himmpunan Mahasiswa Muslim Pascasarjana (FORSIHIMMPAS) Indonesia yang memiliki visi dan misi mendampingi serta mengembangkan berbagai HIMMPAS diseluruh universitas di Indonesia. Pada tahun ini pula, Kepengurusan FORSIHIMMPAS Indonesia terbentuk dan HIMMPAS UGM dipercaya sebagai ketua Pusat Koordinasi Nasional (PUSKORNAS) FORSIHIMMPAS Indonesia.
Konsep Dewan Formatur juga digunakan untuk memilih suksesor Pak Faris Syamsudin sehingga pada musyawarah Akbar XIII terpilihlah Eko Suyanto, S.Si dari prodi Biologi sebagai ketua umum HIMMPAS UGM periode 2013. Sedangkan posisi Sekretaris Umum dijabat oleh sahabat Ashadien Noor Pratma, S.Si dari Prodi Teknik Geologi. HIMMPAS UGM memiliki banyak program untuk semakin mengokohkan diri dalam dunia dakwah pasca sarjana baik pada tingkatan kampus, regional maupun nasional. Pada periode ini dibuatlah jargon kepengurusan yaitu Progresif Kontributif yang melambangkan semangat perubahan yang progresif (ke arah yang lebih baik) dengan sebesar-besarnya kontribusi dari setiap anggota HIMMPAS. Semua dilakukan dengan satu harapan yang jelas yakni melihat HIMMPAS UGM semakin dirasakan kehadiran dan kebermanfaatannya. HIMMPAS periode ini dicirikan dengan jumlah pengurus yang besar (84 pengurus) yang mengisi setiap bidang HIMMPAS dan mayoritas pengurusnya adalah fresh graduate yang mengambil program pascasarjana selepas lulus dari program S1. Potensi besar dari jumlah pengurus sepintas memberikan gambaran bahwa dakwah telah diterima dengan baik dikalangan mahasiswa pascasarjana UGM. Usai kepemimpinan pengurus 2013 yang ditandai dengan Pelaksanaan Musyawarah Akbar XIV pada 23 November 2013, dan tanggal 24 November menjadi sejarah baru bagi Himmpas UGM karena tanggal tersebut menjadi tanggal bersejarah dimulainya Struktur kepengurusan baru 2014 yang dinaokodai Bapak Risdan Latif, S.Pd (Matematika) dengan sekretaris Umum Bapak. Abu Rahmat Ibrahim S.T.P (Biologi/2013). Menjadi awal yang baik di kepengurusan 2014 dengan jargon kepengurusan “Progresif, Kontributif, Bersahabat”. Di periode 2014 Himmpas telah banyak melakukan kegiatan-kegiatan, dan ditahun ini Himmpas UGM kembali menjadi Pusat Koordi nasi Nasional (PUSKORNAS) Forsi Himmpas Indonesia, setelah ditetapkan pada Munas Forsi Himmpas ke III di IPB Bogor pada 23-24 November 2014.
Himmpas terus berkembang, pada tahun 2015 Himmpas membentuk satu bidang baru yaitu bidang kemuslimahan yang disahkan pada Musyawarah Akbar XV dan ditetapkan saudara Rusdianto dari magister sains akuntasi angkatan 2014 menakhodai Himmpas menggantikan saudara Risdan Latif. Pada masa ini, ketika Himmpas UGM menjadi Puskornas Forsi Himmpas Indonesia, salah satu gebrakan yang berhasil dilakukan adalah merancang buku “Risalah Manajemen Dakwah Kampus Pascasarjana” sebagai pedoman pengelolaan lembaga dakwah kampus pascasarjana. Kemudian, pada tanggal 5-6 Desember 2015 masih dengan sistem Dewan Formatur, pada Musyak XVI ditetapkanlah saudara Ferdiansyah, S.T. dari Magister Desain Kawasan Binaan, Program Studi S2 Teknik Arsitektur angkatan 2015 yang berasal dari Pekanbaru, mengarsiteki kepemimpinan Himmpas UGM menggantikan saudara Rusdianto.
Pada tanggal 19-20 November 2016 melalui pemilihan dengan sistem Dewan Formatur, pada Musyawarah Akbar XVII ditetapkan saudara Prasetyo Listiaji, S.Pd. dari Magister Ilmu Fisika, Fakultas MIPA angkatan 2016 yang berasal dari Kudus, Jawa Tengah yang menahkodai Himmpas UGM 2017 menggantikan saudara Ferdiansyah, S.T. Selanjutnya, pada Musyawarah Akbar XVIII tanggal 18-90 November 2018, pimpinan HIMMPAS diamanahkan kepada Bapak M. Faris Al Hakim, S.Pd dari prodi S2 Ilmu Komputer melalui pemilihan yang diamanatkan kepada Dewan Formatur. Pada Musyawarah Akbar ke XIX tanggal 24-25 November 2019 kepemimpinan dinahkodai oleh saudara Fatkhul Rohman, S.TP dari Magister Teknik Pertanian sebagai ketua umum HIMMPAS UGM 2019. Pada Silaturahmi Nasional HIMMPAS Se-Indonesia Himmpas UGM kembali terpilih menjadi Pusat Koordinasi Nasional (PUSKORNAS) FORSI HIMMPAS Indonesia tahun 2020 yang dinahkodai oleh Haneef Nouval Alannibras Humaidi, S.T. Selanjutnya, pada Musyawarah Akbar ke XX tanggal 30-1 Desember 2019 terpilihlah saudara dr. Idham Rahman dari Magister Ilmu Pendidikan Dokter sebagai ketua umum HIMMPAS UGM 2020.