Tujuan HIMMPAS UGM, ada 3:
1. Menjadi wadah silaturahmi dan kajian di lingkungan civitas akademika pascasarjana Universitas Gadjah Mada.
2. Sebagai lembaga dakwah di lingkungan pascasarjana Universitas Gadjah Mada untuk mengaktualisasikan nilai-nilai Islam dan mengembangkan kerja sama dengan berbagai pihak.
3. Mengoptimalkan studi ilmu pengetahuan dengan berbasis keislaman yang akan mengokohkan kompetensi civitas academika Universitas Gadjah Mada.